Lahirnya jurusan Manajemen Pendidikan Islam di IAIN Ponorogo secara historis diinisiasi pertama kali pada tahun 2014 sebagai bentuk kepedulian sekaligus banyaknya aspirasi dari kalangan masyarakat dan mitra sekolah/ madrasah/ pesantren terhadap kebutuhan tenaga kependidikan Islam (kepala sekolah/ madrasah, Waka, TU, Staf dan sebagainya) yang handal, khususnya di wilayah Karisidenan Madiun (Madiun, Ponorogo, Trenggalek), Pacitan dan Ngawi dan di wilayah Jawa Timur pada umumnya.

Pada awal tahun 2014 diajukanlah pendirian jurusan MPI yang kemudian secara resmi diakui dan disahkan oleh pemerintah melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 7062 Tahun 2014 Tanggal 11 Desember 2014. Selanjutnya, secara formal mulai dibuka untuk Angkatan ke-1 dan berjalan pada September 2015 dengan jumlah mahasiswa sebanyak 57 orang dengan 2 kelas. Kemudian pada tahun 2017, Jurusan MPI FTIK IAIN Ponorogo untuk pertama kalinya telah berstatus Terakreditasi dari BAN-PT dengan nomor: 4860/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2017.

Sebagai jurusan baru, MPI FTIK IAIN Ponorogo pada perkembangannya terus menuai respon positif dari masyarakat dan mitra institusi, sehingga hingga saat ini jumlah mahasiswa secara keseluruhannya sebanyak 630 orang yang disupport oleh 18 dosen tetap linier ke-MPI-an. Sebagai salah satu prodi yang usianya masih relatif muda, jurusan MPI telah menghasilkan banyak prestasi baik yang ditorehkan oleh dosen maupun mahasiswanya. Semisal tahun 2011, 2014, dan 2017 terdapat sejumlah dosen yang terpilih menjadi delegasi Indonesia untuk melakukan International Shortcourse di India, Australia, Singapore, Jepang dan sebagainya, serta pada tahun 2013 dan 2019 menjadi the best presenter dalam International conference. Termasuk juga prestasi mahasiswa MPI berupa juara II Debat Nasional tentang Manajemen Pendidikan tahun 2021, dan terpilih menjadi delegasi nasional dalam program pejuang muda Kemendikbutristek-Kemensos RI pada tahun 2020.